Zmiana sposobu przekazywania faktur do centralnego systemu wymaga spojrzenia na cały proces ich wystawiania i odbierania. W praktyce faktura jest zwykle jedynie jednym z elementów większego obiegu, w którym uczestniczą dane kontrahenta, zamówienie, sprzedaż, magazyn, księgowość oraz archiwizacja dokumentów. Z tego powodu integracja KSeF może dotknąć kilku wycinków jednocześnie, wręcz jeśli na początku planowane jest wyłącznie automatyczne wysyłanie faktur.

W szczególności istotne jest uwarunkowanie, z którego programu mają pochodzić dane przekazywane do systemu a także gdzie ma być zapisywana informacja o wyniku operacji. O ile faktury są wystawiane w więcej niż jednym miejscu, dochodzi dodatkowe zagadnienie związane z ujednoliceniem sposobu ich obsługi. W tak zaistniałej okoliczności warto przedtem ustalić, czy wszystkie źródła danych działają według tych samych zasad. Różnice, które przy ręcznej pracy były wychwytywane przez pracowników, po częściowej automatyzacji mogą stać się źródłem powtarzających się błędów.

Jednym z mniej oczywistych elementów jest obsługa numeracji i identyfikacji dokumentów. Wewnętrzny numer faktury może być niezbędny do znalezienia dokumentu w programie księgowym, jednakże system zewnętrzny może posługiwać się innymi informacjami dotyczącymi danego dokumentu. W codziennej pracy istotne jest, aby użytkownik potrafił powiązać te dane bez dodatkowego przeszukiwania kilku aplikacji. Ma to znaczenie szczególnie wtedy, gdy powinno się sprawdzić konkretną fakturę po kilku tygodniach lub miesiącach. Integracja z KSeF powinna więc uwzględniać nie tylko przekazanie treści dokumentu, ale też sposób zapisu informacji potrzebnych do jego późniejszego odnalezienia. Przy większej liczbie faktur ręczne porównywanie numerów i statusów może stać się osobnym zadaniem. Warto też pamiętać, że dokumenty nie za każdym razem przechodzą przez proces w analogiczny sposób. Korekta, ponowna próba przekazania czy ręczna zmiana danych może sprawić, że standardowy schemat przestaje wystarczać.

Osobnego sprawdzenia wymaga sposób działania systemów w przypadku błędów. Podczas testów łatwo skupić się na poprawnym scenariuszu, czyli utworzeniu faktury, przekazaniu jej i zapisaniu odpowiedzi. W rzeczywistej pracy pojawiają się jednakże sytuacje, w których dane są niekompletne, użytkownik zmieni dokument w nieodpowiednim momencie lub komunikacja między systemami zostanie przerwana. Wówczas ważne staje się zobowiązanie, co dzieje się z dokumentem po wystąpieniu problemu. Nie powinien on zniknąć z procesu ani pozostawić użytkownika bez informacji o następnym działaniu. Równocześnie automatyczne ponawianie każdej nieudanej operacji nie za każdym razem jest odpowiednim rozstrzygnięciem. Jeśli przyczyną jest błąd danych, kolejne próby nie zmienią wyniku. Z kolei przy krótkotrwałym problemie technicznym ponowienie może być obsługiwane według innego schematu. Takie rozróżnienie trzeba uwzględnić podczas ustalania zasad działania integracji, ponieważ wpływa ono bezpośrednio na późniejszy czasszą pracę osób zajmujących się fakturami.

Znaczenie ma także przygotowanie użytkowników do pracy z nowym obiegiem dokumentów. Dosłownie dobrze skonfigurowane systemy nie eliminują potrzeby podejmowania decyzji w nieszablonowych przypadkach. Pracownik powinien wiedzieć, gdzie sprawdzić status faktury, jak rozpoznać dokument wymagający dodatkowej sprawdzeniu oraz co zrobić, gdy dane zapisane w jednym systemie nie odpowiadają wiadomościom w innym. Warto prócz tego ograniczyć liczbę miejsc, w których trzeba szukać tych samych informacji. O ile status dokumentu znajduje się w jednym programie, a komunikat o błędzie w drugim, obsługa może stać się bardziej skomplikowana, mimo że sama wymiana danych funkcjonuje prawidłowo. Integracja KSeF jest więc również kwestią organizacji pracy i ustalenia odpowiedzialności za poszczególne etapy. Dopiero prześledzenie rzeczywistych czynności wykonywanych przez użytkowników umożliwia zauważyć, które elementy można połączyć, które powinny pozostać pod kontrolą człowieka oraz gdzie potrzebne są dodatkowe reguły dla dokumentów odbiegających od typowego schematu.

Zobacz również: KSeF API integracja.